問題の部分を引用します．細かい構文の説明は薬袋善郎 ミル「自由論」原書精読への序説（ミル精読序説）の1-6-2~1-6-10 を参照してください．英文の内容の理解についてはおおむね薬袋先生に異論はないのですが，細かい部分で疑問点があるため取り上げます．
■暫定的結論 " the subject is one on which it is not generally considered necessary that reasons should be given"のsubjectは「（影響力の）対象」ではなく「事案・問題」という意味でとらえるべきではないか．
■文章の概要
But though this proposition is not likely to be contested in general terms, the practical question, where to place the limit—how to make the fitting adjustment between individual independence and social control—is a subject on which nearly everything remains to be done. All that makes existence valuable to any one, depends on the enforcement of restraints upon the actions of other people. Some rules of conduct, therefore, must be imposed, by law in the first place, and by opinion on many things which are not fit subjects for the operation of law. What these rules should be, is the principal question in human affairs; but if we except a few of the most obvious cases, it is one of those which least progress has been made in resolving. No two ages, and scarcely any two countries, have decided it alike; and the decision of one age or country is a wonder to another. Yet the people of any given age and country no more suspect any difficulty in it, than if it were a subject on which mankind had always been agreed. The rules which obtain among themselves appear to them self-evident and self-justifying.
この部分は人間の行動規範"the rules of conduct"はどうあるべきかという問題を論じています．行動規範には他人に強制すべきものがあります．例えば公衆の面前で全裸になることのように法律によって行動規範を強制する必要がある問題もあれば，差別的な言動など，法律での規制に適していない事案(not ... fit subjects for the operation of law)には世論によって正すべき問題もあるでしょう．ただ，行動規範とはどうあるべきかという問題はほとんど解決していないのです．国・時代によって行動規範は変わるはずですが，各時代・国の人たちは，まるで行動規範はどうあるべきかという問題(subject)は常に共通見解が得られてきたと考えられてきました．自分たちの中で通用している（obtain）行動規範はまるで自明なことのようにみえるからです．
This all but universal illusion is one of the examples of the magical influence of custom, which is not only, as the proverb says, a second nature, but is continually mistaken for the first. The effect of custom, in preventing any misgiving respecting the rules of conduct which mankind impose on one another, is all the more complete because the subject is one on which it is not generally considered necessary that reasons should be given, either by one person to others, or by each to himself. People are accustomed to believe, and have been encouraged in the belief by some who aspire to the character of philosophers, that their feelings, on subjects of this nature, are better than reasons, and render reasons unnecessary. The practical principle which guides them to their opinions on the regulation of human conduct, is the feeling in each person’s mind that everybody should be required to act as he, and those with whom he sympathizes, would like them to act.
ではなぜ，行動規範は常にどこでも自明のものだという錯覚が生まれるのか，これは慣習の影響によるものだとされています．ただでさえ慣習は人間の先天的な性質と誤解されがちです．人間が他人に押し付ける行動規範について，疑念を抱かせないようにするという点では，the subjectは人から他人に・そして自分自身に対しても何らかの理由付けを与えるべき"one= a subject"だと考えられていないために，慣習の影響力は一層(all the more)完全なものとなります（この理由がなくても慣習が人間の本来の性質と誤解されやすいというだけで十分完璧"complete"といえるのですが，一層完璧になるということです）．
下線部の後には，こうした類の問題(subjects of this nature)については，感情の方が理屈よりも重要だと考えることに慣れてしまっていると続きます．
■薬袋先生の解釈
ここではsubjectという単語が複数回出てきています．すべて同じ意味とまでは言えませんが，おおむね事案・問題という意味で使われています．
ところが，下線部のsubjectについて，薬袋先生は慣習の影響力"the effect of custom"の対象(subject)と解釈しています．もちろん，同じ単語が同じような用法で使われているとは限りませんから，文脈を見る必要があります．
さて，そもそもthe subjectの具体的な内容はなにか，という問題ですが customのことだと捉える人がいます．ミル精読の中でも解説されていますが，この前後では人間の行動規範について議論されていますし，主語が"the effect of custom"なのですからcustom"が"the subject"なら" the subject is one on which it is not generally considered necessary that reasons should be given"というくどい言い方をする必要はありません．
ただ，薬袋先生はここでthe effect of customを影響力と捉え，その対象の一つが"the subject=the rules of conduct"という解釈をしています．薬袋先生によると"subject of investigation"（調査対象）と同様の用法だということです．
■私の解釈
"the subject is one(a subject) on which .."というくどい形になっているのは，意味があるからです．"the subject"には色々あるが，その中でもどういう類の"one=a subject"なのかという意味を表していると考えられます．また，関係節内でも意味が通らなければなりません．「（影響力の）対象にもいろいろあるが，理由が与えられるべき（影響力の）対象とは考えられていないので・・・」というのはなかなか苦しい解釈だと思います．下線部の前後でも "a subject on which"の形が計２回出てきており， "it were a subject on which mankind had always been agreed"のように「事案・問題」という意味で使われています．
実際，引用文の最後を見ると，「この種の問題"subjects of this nature"は理屈よりも感情が優先されるべき問題だと考えられている旨の記述があり，（理由を与えられるべき問題だとは考えられていないという意味で）内容的にも下線部の"the subject"は"subjects of this nature"に含まれると考えていいでしょう．
したがって私は下線部のsubjectは「（影響力の）対象」ではなく「事案・問題」という意味でとらえるべきだと思います．引用した文を通して，"the practical question, where to place the limit", What these rules should be", "the rules of conduct which mankind impose on one another", "the regulation of human conduct", という形で微妙に表現や焦点を変えつつ，他人の行動を拘束するような行動規範とはどうあるべきかについて論じられています．具体的にsubjectが何を指しているかというのは，薬袋先生の解釈と同じく"the rules of conduct which mankind impose on one another"でもよいかもしれませんが，「他人の行動を拘束する行動規範はどうあるべきかという問題」と捉えた方が「習慣の影響力は『他人の行動を拘束する行動規範はどうあるべきかという問題』が理由が与えられるべきものだと考えられていないために一層完璧なものとなる」という風にすっきりするかもしれません．
おそらく，薬袋先生は下線部の主語が"the effect of custom"であることから，「習慣の影響力」と"the subject"の関連を明確にするため「（影響力の）対象」と捉えたのでしょう．実際 "in preventing any misgiving respecting the rules of conduct which mankind impose on one another"という形で下線部の"the subject"は"the effect of custom"から何らかの影響を受けるとは思います．とはいえ，ここでは「（他人の行動を拘束する）行動規範」に関する問題に関連して「習慣の影響力」が論じられているため，"the subject"を「事案・問題」として捉えることができると思います．
もちろん，同じ単語が同じような用法で使われているとは限りませんが，今回の場合は複数回出てくるsujbectが同じような使い方をされ，似たような指示対象を指しており，互いに関連しているため「事案・問題」として解釈した方が一貫性が生まれると思います．
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